奥维森科技：新增10x Genomics单细胞测序，一如既往优质服务！

世界上没有两个一模一样的人，也没有两个一模一样的细胞，人体里大概有37万亿个细胞，所有细胞都是由同一颗受精卵发育而来UMI。从一颗小小的受精卵开始，随着人体生长发育，细胞之间的差异越来越大，承担不同的功能。

细胞的异质性和复杂性给人类发育、干细胞生物学等诸多领域的研究提出了巨大挑战UMI。此时单细胞测序技术应运而生，不仅可以研究单个细胞内的基因表达情况，同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题，让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。就让小奥带大家一起了解一下10x Genomics单细胞测序技术吧。

10xGenomics技术介绍

10x Genomics的Chromium Controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统，可以同时获得100-80,000以上的单细胞，制备文库和Illumina平台兼容，通过测序实现对高通量单细胞数据进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析，绘制大规模单细胞表达图谱UMI。 10x Genomics单细胞表达分析可应用的细胞类型众多，如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等，是研究肿瘤异质性，免疫细胞群体和胚胎发育的黄金方法。

技术原理

技术核心是油滴包裹的凝胶珠（GEM），该系统含有75万种Barcoded beads，包含Read 1测序引物、10 x Barcode序列、UMI以及poly dT反转录引物UMI。GEM形成后，细胞裂解，凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列，随后mRNA逆转录产生带有Barcode和UMI信息的cDNA。cDNA为模板进行PCR扩增，然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程。测序后，Barcode标记细胞，UMI标记转录本并用于后续定量。

测序流程

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样本要求

细胞活率＞85%；细胞碎片率成团率＜5%；细胞浓度2-5*103cells/ ul ；细胞总数＞20万；细胞直径7-30μm

主要结果展示

细胞聚类

差异分析

富集分析

自动化注释

案例分析

Cryopreservation of human cancers conserves tumour heterogeneity for singlecell multi-omics analysis

人类癌症的冷冻保存为单细胞多组学分析保留UMI了肿瘤异质性

期刊：Genome Medicine

影响因子：11.117

研究背景

高通量单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为探索复杂人类癌症中细胞异质性的有力工具UMI。使用新鲜人类手术组织的scRNA-seq研究在逻辑上是困难的，排除了样本的组织病理学分诊，并限制了进行批处理的能力。这种阻碍往往会在整合患者数据集时引入技术偏倚，增加实验成本。尽管之前已经探索了组织保存方法来解决这类问题，但它尚待在复杂的人体组织上进行检测，如实体癌和高通量scRNA-seq平台上。

研究方法

实验材料：对来自3种原发性乳腺癌、2种原发性前列腺癌和1种皮肤黑色素瘤的新鲜和冻存重复样本的总计约120,000个细胞进行测序

实验技术：scRNA-seq

研究结果

从新鲜组织中鉴定出的肿瘤异质性在冻存重复样本中很大程度上是保守的UMI。研究发现，从冻存组织片段或冻存细胞悬液制备的单细胞测序与从新鲜组织制备的测序细胞相当，冻存细胞悬液在基因表达方面与新鲜组织显示出更高的相关性。结果表明，冻存对下游分析（如生物通路富集）的结果影响极小。对于一些肿瘤，与新鲜分析的组织相比，冷冻保存适度增加了细胞应激特征。此外，还证明了冷冻切片机的优势。